ストーリー

場面写1

ドイツ郊外。ニューヨークからやってきた2人の若く美しいアメリカ人女性、リンジーとジェニーはレンタカーを借りてヨーロッパ各地を旅行していた。
その夜、彼女たちは地元のクラブへ遊びに出かけようと車を走らせるが道に迷い、その上タイヤがパンクして森の中の一本道で孤立してしまう。携帯電話も電波圏外で繋がらず、途方に暮れていると、一台の車が通りかかる。彼女たちは運転者に助けを求めるが、その太った中年男はドイツ語で卑猥な言葉をまくしたてると、その場を立ち去ってしまう。
心細くなった2人は車を降り、歩いて助けを求めることにする。雷鳴がとどろき、雨が降り出す中、森の中をさまよった2人はようやく一軒の大きな家の灯りを見つけるのだった。

玄関の呼び鈴を押し、大声で助けを呼ぶと、中から長身の不気味な中年男性が現われた。
その家には引退した外科医のヨーゼフ・ハイター博士が一人で住んでいた。博士は2人をリビング・ルームへ通すと、キッチンへ向かい、車の救援センターに電話をかけるふりをしながら、彼女たちに出すグラスの水に強力な睡眠薬をこっそりと混入するのだった。
何の疑いも無くその水を飲んだジェニーは意識が混濁して身動きが取れなくなり、ほんの少し口を付けただけのリンジーも身体が思うように動かず、博士に捕まって首筋に麻酔薬を注射され、意識を失ってしまうのだった。

場面写2 翌朝。リンジーとジェニーが目を覚ますと、2人は地下室に並べられた患者用のベッドに拘束されていた。
2人の隣には同じく一人の大柄の男が拘束されていた。やがて部屋に入ってきた博士は表情一つ変えずに「君は適合しないので、殺す」というと、腕に刺された点滴の管に劇薬を注射して大男を殺害すると、その遺体を庭に埋めるのだった。
その後、博士は車で出かけ、一人の日本人男性、カツローを拉致し、リンジーたちの横のベッドに拘束する。カツローは関西弁で怒鳴り続けるが、博士はそんな言葉に耳を貸さず、冷徹に何かの準備を進めていく。

やがて、白衣に着替えた博士は、麻酔で眠らせておいた3人を覚醒させ、彼らに自分がシャム双生児の分離手術のエキスパートとして知られる外科医であることを伝え、これから始めるある創造的手術の一部始終を自慢げに説明する。
博士は、半年前に3匹のロトワイラー犬の口と肛門を結合させ一つの生命体に変えることに成功していた。今回彼はそれを人間で行おうとしていたのだ。
A体、B体、C体の3つの人体の、ヒザの皿のじん帯を切除して四つん這いにさせ、A体の肛門とすべての歯を抜いたB体の口唇、同じくB体の肛門とC体の口唇を縫合して一体化させ、養分はAが口から摂取し、Bを通過してCの肛門から排泄させるというおぞましい手術、博士はそれを“ムカデ人間 第一シークエンス”と呼ぶのだった。
博士が手術を開始すべく、カツローとジェニーに麻酔を打っていたとき、リンジーは自分でどうにか拘束を解き、手術室を脱出する。だが、彼女は迷路のような屋敷から出ることができずに、博士に麻酔銃で撃たれて捕まり、罰として“ムカデ人間”の真ん中に繋がれることになる。

場面写3手術は終わった。博士は正装し、一人で祝杯をあげると、“ムカデ人間”たちを覚醒させた。
カツローを頭に、ジェニー、リンジーと繋がれた3人は、自らの異常な姿に泣きわめき、うめいた。博士はその姿をあらためて見て、「美しい」と感涙にむせぶのだった。
その後、博士は“ムカデ人間”を従順なペットにすべく調教を開始するが、カツローはことあるごとに博士に反抗し、人間の尊厳だけは失わず、常に脱走と逆襲の好機を狙っていた。

やがて、近隣で多発していた行方不明者の捜査のため、二人の刑事が博士宅を訪問する。
博士は刑事たちにも睡眠薬を飲ませ、新たな犠牲者にしようとするが失敗、博士の非協力的な態度を怪しんだ刑事たちは、捜査令状を取りに、一旦署に戻っていった。
刑事を追い払い、一安心して地下室に戻ってきた博士を、今度は“ムカデ人間”が手術用のメスで急襲、博士が気絶した隙に、“ムカデ人間”たちは最後の力を振り絞って屋敷からの脱出を試みるが…。

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